Para algunos espacios dedicados al arte que se localizaban en el centro histórico de Oaxaca, mantenerse durante, y después del conflicto entre la APPO y el gobernador Ulises Ruiz, fue prácticamente imposible, tal es el caso de la Galería Punto y Línea, dirigida por Leonel Hernández, que cerró a pesar de que contaba con el apoyo de su hermano, el pintor Sergio Hernández. Por su parte, la Galería Epicentro, del también artista plástico Marco Bustamante, ha quedado más como estudio abierto que como galería.Los dueños de la Galería 910 de Arte Contemporáneo, situada en un espacio rentado sobre el Andador Turístico, cerraron la galería y dejaron Oaxaca para irse a Ciudad Juárez para sufragar los gastos del espacio, porque sólo de renta, teléfono, luz y agua, requerían al mes de 20 mil pesos, que nunca tuvieron.
Aunque los museos no se dedican a la venta, sí hacen un trabajo de promoción y difusión del arte, que también fue interrumpido por las movilizaciones. En el Museo de Pintores Oaxaqueños, dependiente del gobierno estatal y localizado frente a la catedral, la Plaza de Constitución y la Alameda de León, los manifestantes rompieron dos vidrios, justo en la semana de los enfrentamientos más ríspidos; sin embargo, la afectación mayor fue la falta de turismo al recinto y que no pudieron mantener las exposiciones que planeaban. Fue hasta el 23 de marzo cuando realizaron su primera muestra con obra del pintor Rodolfo Nieto y se inauguró una sala con su nombre.
Juan Alcázar, director de ese museo, señala que si a la catedral llegaban menos feligreses, a los museos les fue peor: "Habría que preguntarle al cura cuánto bajaron sus feligreses. Si ahí, que van por fe, bajaron, aquí en el museo con más razón".
Tal vez uno de los recintos más activos del centro histórico durante ese tiempo fue el IAGO, creado por el pintor Francisco Toledo e inaugurado en noviembre de 1988, en una casa del siglo XVIII, situada frente al ex Convento de Santo Domingo y a un costado de la Plazuela del Carmen, sobre la calle de Macedonio Alcalá, con el objetivo fundamental de ser un espacio donde se reflexione sobre la gráfica y el arte contemporáneo, pero también sobre la ecología, los presos políticos y la historia.
Patricia Mendoza, recién nombrada directora del IAGO, asegura que los meses de conflicto dieron lugar a una efervescencia cultural y una destrucción de cofradías y grupos donde todo mundo, de algún modo, tiene la conciencia de que sumarse es fundamental. "Ésta es la red que se abre, pero dentro de la cual se cuestiona y analiza la diversidad".
Otros tantos espacios culturales, como el Centro de Arte Contemporáneo de Oaxaca, el Museo del Palacio, el Espacio de la Diversidad, la Fonoteca Eduardo Mata, el Museo de las Culturas de Oaxaca y el Museo de Arte Popular de Oaxaca, sufrieron lo propio: grafitis y pintas en sus paredes, algunos vidrios rotos y falta de visitantes.
